虽然当前面向日常消费的肠道菌群商业化检测存在夸大宣传等问题，但是肠道微生物科学研究仍具有广阔的应用前景。

在精准营养方面，未来或可基于个体肠道菌群特征，制定个性化的饮食及益生元或益生菌干预方案。例如，科研人员正在探索富含特定多酚或膳食纤维的食物能否对阿克曼氏菌（一种与代谢健康呈正相关的细菌）实现靶向调节。

在新型疗法开发上，粪菌移植已成功用于治疗复发性艰难梭菌感染，并在炎症性肠病等疾病的探索性治疗中展现出一定潜力。未来，更安全、标准化的下一代益生菌和活体生物药有望成为研发热点。

在疾病早期预警方面，结合大数据与人工智能，科研人员通过对大规模菌群数据及宿主多组学信息的深度学习，未来可能构建出更有预测效度的模型。

不过，这些成果要落地临床、飞入寻常百姓家还需时日。