记者获悉，印尼海关对于退证查询的货物采取暂缓给予关税优惠待遇、暂缓放行、收取保证金或征税等措施，给进出口企业增加了仓储、物流等方面的费用，而且使企业利用自贸区优惠政策的积极性受挫。
部分外贸企业处于产业链的底端,对客户的依存度较高,贸易地位不对等,有些国外客户凭借强势地位转嫁退证查询风险。如南通一家体育用品公司一批货物8月份已经到港，10月中旬遭印尼海关发起退证查询，这票货物已存放在物流仓库2个多月了，公司销售黄小姐说：“前面的货没清关，客户到现在还没付钱，我的客户都不敢让我继续发货，本来谈的差不多的订单可能也没啥希望了，生产出来的货物还得另寻卖家。”
运输细节问题是退证查询主因。印尼退证查询原因繁杂，前10月退证查询数据显示，查询内容涵盖了原产地标准、货物描述、直运规则、生产商等多项内容，其中直运规则查询约占70%。
根据直运规则，只要航船经停非中国-东盟自贸区成员国港口，无论是否更换船只，都需要向进口国海关提供相关证明，出口企业和船公司往往以为不转船就是直达，忽视了提交“未再加工证明”。
如南通某纺织品出口企业仅10月就有3批出口印尼的货物清关受阻，遭到印尼海关的原产地证退证查询。究其原因就是运送该批货物船只在香港停留，企业忽视了“未再加工证明”的申请。最终，该企业为了能及早清关缴纳了20%税金，达4.3万多美元。
江苏南通出入境检验检疫局提醒出口企业：一是要严格按照中国-东盟产地证规定真实填写产地证各项栏目，不能盲目跟从客户要求；二是对不同的规格型号必须在产地证上分开列明；三是要提前了解货物的详细运输路线，准备好资料备查，对于经第三方停靠或转运的货物，发货人应保存联运提单，并申请办理“未再加工证明”，以在香港停靠为例，企业可向香港中检公司申请签发“未再加工证明”，在清关时同产地证一起提交印尼海关。
